Olá amigo tenta a seguinte forma, com o carro aberto vc tranca a porta com os vidros abaixados porem ao girar a chave fique com ela pressionada ates todos os vidros subirem e após aguarde 10 segundo ate ativar o alarme. feito isso estará configurado.

Olá amigo! Estou com um problema parecido com o seu. Possuo um Stilo 2004. Ele tem a chave canivete com os botões de travamento das portas, destravamento e abertura do porta-malas. Até então estava utilizando todas essas funções normalmente, incluindo abertura e fechamento dos quatro vidros na chave, mas de repente uma das chaves parou de funcionar. Inicialmente pensei que fosse a bateria, mas tentei usar outra bateria e não deu certo. A luz vermelha da chave pisca normal, mas o carro não recebe nenhum comando da chave. Isso aconteceu com apenas uma das chaves, a chave reserva é idêntica a outra e está funcionando normalmente. Você pode me ajudar?